中央结算系统提供结算服务，以决定参与者在证券交易后的股份与款项责任，应付或应收的现金或证券。
系统亦提供交收服务。在到期交收日，有关股份的交收会于参与者在系统内的股份户口进行存账或扣账，而参与者应收或应付的款项亦会记存或记除于参与者在系统内的「款项记账」。
经中央结算系统进行结算及交收的交易可分为两类 — 联交所买卖（于联交所进行的合资格证券买卖）及非联交所买卖（「交收指示的交易」，「结算机构的交易」和「投资者交收指示的交易」）。
联交所买卖︰「持续净额交收」和「已划分的买卖」制度
联交所的所有交易详情，包括买卖资料及 买卖更改资料，会于每个交易日（T日）由联交所以电子形式自动输送往中央结算系统。结算参与者毋须另行输入或再次确认中央结算系统内的交易详情。于T日下午六时及八时后不久，结算参与者可透过中央结算系统终端机取得有关其股份及款项数额的临时结算表，以供对账之用。而载有已作实结算数额的最后结算表，则于T+1日下午二时后不久提供予结算参与者，以供核实。
「持续净额交收」制度
联交所买卖是以净额方式以「持续净额交收」制度处理，除非在交易时，该项证券交易已被结算参与者或被香港结算基于风险管理原因划分出来，以「已划分的买卖」制度交收。
在「持续净额交收」的制度下，香港结算透过责务变更成为买、卖双方经纪的交收对手。两名结算参与者的单一合约，经责务变更成为两份合约，即卖方结算参与者与香港结算之间的合约，以及买方结算参与者与香港结算之间的另一份合约。透过成为双方交收的对手，香港结算便能够提供交收的保证。
结算参与者在同一日同一只证券的股份交易会互相抵销，只余一个股份净额。结算参与者在交收日的待交收股份净额，将转移至下一个交收日，与同一只证券的相反持仓净额互相抵销。
「已划分的买卖」制度
「已划分的买卖」是以逐项交收方式交收。香港结算并不会替代成为买卖的交收对手。公司虽然辅助进行该等交收，但并不提供 保证。
非联交所的买卖︰「交收指示的交易」，「结算机构的交易」和「投资者交收指示的交易」
「交收指示的交易」
经纪与托管商之间的交易、股份借贷、股份承押及股份组合转移，均可透过参与者双方输入交收指示进行。「交收指示的交易」是以逐项交收方式进行交收。
结算是经中央结算系统每天自动进行的配对程序，透过配对两项相关的交收指示所载的 详情而完成，这些资料包括双方参与者的编号、交收日期、股份代号、数量、付款指示、指示类别、款额及结算货币（如适用）。香港结算虽然辅助进行「交收指示的交易」的交收，但并不提供保证。
「结算机构的交易」
香港联合交易所期权结算所有限公司于一九九五年获纳入为中央结算系统的结算机构参与者。有关股票期权行使后的交易亦会传送至中央结算系统进行交收。在中央结算系统进行交收的「结算机构的交易」资料详情，将会列印于第二份「临时结算表」及「最后结算表」上。
「投资者交收指示的交易」
在中央结算系统内交收投资者户口持有人和经纪或托管商（同时为中央结算系统参与者）的交易，经纪或托管商（同时为中央结算系统参与者）必须将载有香港结算要求的有关资料的投资者交收指示输入中央结算系统。
「投资者交收指示的交易」包括投资者户口持有人与中介人之间的交易、股份借贷交易、股份承押交易及证券的组合转移。