中央结算系统证券存管处接受参与者存入合资格证券作交收及予以保管；参与者须向结算公司确保存入证券的完整所有权。
每位投资者户口持有人均获分配一个“多用途”股份户口；而每位参与者 ( 投资者户口持有人除外 ) 均获分配一个股份结算户口及一个权益户口以便进行交收及收取有关权益。同时，参与者 ( 投资者户口持有人除外 ) 可因应需要申请开立独立股份户口作内部记录及核对之用。有关股份结余均以电子形式记录，参与者( 投资者户口持有人除外 )可经中央结算系统终端机查询户口内的股份转移 / 结余等详情及收取有关报告。
存放于中央结算系统证券存管处的股份会以香港中央结算（代理人）有限公司（即「共用代理人」）的名义登记；这些股份是可互换的及没有标明属于某一参与者。以共用代理人作为股份登记持有人并不会改变股份的实益拥有权。在正常情况下，参与者 ( 投资者户口持有人除外 ) 存入的股份会立即记存于参与者在中央结算系统的股份户口内。在实物股票送交过户登记处登记期间，参与者 ( 投资者户口持有人除外 ) 仍可利用存入的股份在中央结算系统内履行其交付责任。
问题证券
参与者亦可凭中央结算系统内的股份户口结余自中央结算系统证券存管处提取实物股票。
存管处的设施包括服务柜台大堂和两个共储存超过1,000万张股票的保管库。