主管：姚嘉仁先生
营运科包括以下职能：
交易
交易团队负责服务及招纳交易所参与者及结构性产品发行商，管理现货市场及衍生产品市场交易方面的业务及营运，以及制定二级市场及衍生产品市场的交易规则及政策。团队营运并监察各有关交易系统，以及确保交易环境具透明度、公平有序及高效率，并符合相关交易所的有关规则和规定。
交易团队亦负责管理沪港通及深港通的业务及营运。
市场监察
市场监察负责监察交易所参与者在现货及衍生产品市场进行的交易活动和中华通交易活动、交易所参与者遵守规则与规例、衍生产品合约的持仓上限和大额未平仓合约申报规定的情况，以及就庄家申请进行尽职审查。市场监察亦与香港及内地监管机构合作调查涉及中华通的跨境市场失当行为。
结算及存管
结算及存管负责维持证券、场内或场外衍生产品的有秩序、公平和快捷的结算及交收，提供中央证券存管、讬管、及共用代理人服务，管理股份和结构性产品纳入系统事宜，负责执行营运科的多项战略计划，及为投资者及结算参与者提供热线及培训服务。